卒業後の中学校進学については、併設中学校への進学と、それ以外の中学校への進学の２つの選択肢があります。
農大稲花小の設置においては、本校を卒業する児童が、東京農業大学の併設中学校への内部進学することを想定しています。とくに、隣接する東京農業大学第一高等学校中等部（農大一中）については、学校説明会や学校見学会を行っています。内部進学にあたっては、農大一中の教育理念を理解し賛同する保護者と子どもであること、また、学業成績だけでなく、農大稲花小の児童として、ふさわしい行動のできる子どもについて、校長推薦を行うこととしています。
農大一高が大学受験に強い進学校であることから、農大一中は、学力の高い生徒が集まる学校です。農大稲花小では、子どもたちに「10 の能力」を育むことにより、農大一中に中学受験をして入学した他の小学校からの生徒たちと、対等な力を身につけさせることを目標としております。そのために内部進学を希望する子どもとその保護者には、毎日の授業に真剣に取り組むとともに、求められる家庭学習を適切に行うことを期待しています。
また、学業成績だけでなく、著しく出席不良の子ども、さらに、生活や行動面において、学校生活や集団生活に著しく支障がある子どもを農大一中に対して推薦することはできません。推薦が難しいと考えられる子どもと保護者には通告し、改善を求めますが、最終決定は校長判断といたします。
進路先として、併設以外の中学校を希望することも可能です。ただし農大稲花小では、学力に関しては質の高い習得を目標に授業を行いますが、中学校受験に関するサポート体制はありません。
外部の中学校を受験する児童が、一般受験生として、併設中学校を受験することは妨げません
本物に触れ、自分で物事を体験し、自ら考えて答えを導き出す実学教育を学びの柱とする中高一貫校です。「理論から実践」、「実践から理論」のサイクルのなかで知識や技能を習得し、深めることにより、科学的な態度や思考法を養うことを重視しており、その理念を「知耕実学（実学によって知を耕す）」という言葉に表現しています。
2023年度からは、新たに知耕実学のもとで教育目標「夢の創造と実現」を達成するために、スローガン「共創し、新たなステージへ」を掲げ、共に学習、部活動、委員会、受験勉強等を通して、創造力を伸ばすことができる学校を目指しています。
進学校である一方で、クラブ活動もさかんです。生物部の研究成果は様々な賞を受賞しています。農大稲花小の子ども達には、小学校から中高一貫の良さを活かして、本当の学びを実現することを願っています。
東京農業大学への進学においては、優先入試制度を利用することができます。
農大稲花小の学校生活のなかでも、交流の多い東京農業大学は、小学校の敷地から道路１本隔てた西側の広大な敷地に、メインとなる世田谷キャンパスを展開し、応用生物科学部、生命科学部、地域環境科学部、国際食料情報学部の４学部15学科を設置しています。また、厚木キャンパス（神奈川県）には農学部４学科、北海道オホーツクキャンパス（網走市）には生物産業学部４学科を設置しています。
生命、食料、環境、健康、エネルギー、地域創成といった、生活にも身近な多様なテーマを研究しています。「実学主義」を教育の理念とし、実習や演習を重視した、実践的な学びを行っています。
農大稲花小の子どもたちの中から、将来、東京農大で学び、研究する卒業生が現れることも楽しみです。
